1936年10月，红军三大主力在甘肃会宁会师，中共中央为统一军事指挥，确定由毛泽东、彭德怀、王稼祥、朱德、张国焘、陈昌浩六人组成中央军委主席团。
　　1937年初，王稼祥离开延安到莫斯科治疗。出院后即接替王明担任中共驻共产国际代表。1938年8月，王稼祥回国到达延安。
　　 1938年8月至1943年，王稼祥担任中共中央政治局委员、中央军委副主席、军委总政治部主任。并兼任中央华北华中工作委员会主任，参与中央对重大问题的决策。在此期间，在中共中央和中央军委给八路军、新四军和各抗日根据地的指示文电中，以毛泽东和王稼祥或以毛泽东、朱德和王稼祥联名签署的数以百计。他协助毛泽东处理了大量有关党、军队和抗日根据地的重大问题。其中，王稼祥为中共中央和中央军委起草了几十份指导性文件，如《中央关于增强党性的决定》、《中央政治局关于巩固党的决定》、《中央关于统一抗日根据地党领导及调整各级组织的关系的决定》、《中央军委关于抗日根据地军事建设的指示》等。他还撰写了《关于三民主义与共产主义》、《为中国共产党的巩固和坚强而斗争》、《中国共产党与革命斗争》、《中国共产党与中国民族解放的道路》等论著，提出不少重要创见。他协助毛泽东处理了晋西和皖南事变，为打退国民党顽固派掀起的反共高潮做出了贡献。